В известен смисъл съществуването на мусорна ДНК не е изненадващо: ДНК е „егоистична“ и ще се размножава независимо дали носителят и се нуждае. Но за да издържи на натиска на отбора, тя трябва да бъде поне частично полезна. Биологичното значение на мусорната ДНК се доказва от около 500 нейни участъка, които на практика не се различават при различните видове. Най-вероятно те са оцелели, защото изпълняват важна функция.   Една от хипотезите е, че мусорната  ДНК защитава гените. Ако геномът съдържаше само елементи, кодиращи протеини, тогава в резултат на грешки при копирането те бързо биха се разпаднали и станали безполезни. Некодиращата ДНК създава буфер, който намалява вероятността от увреждане на важен ген. Друга идея също се основава на копиране: мусорната  ДНК може да служи като резерв, от който еволюират нови гени. При пресичане някои парчета  от мусорната ДНК могат да се комбинират в полезни комбинации и това прави сравнението с боклуците фундаментално погрешно. Всъщност ние изхвърляме боклука, а не го съхраняваме, в случай че изведнъж се окаже полезен в бъдеще.   Сега е ясно, че по-голямата част от мусорната ДНК е наречена така погрешно: тя изпълнява специални и много важни функции. Тя регулира дейността на гените, като изпраща съобщения до кодиращите части на генома за това кога и как да се работи и кога е по - добре да се помълчи.   Най-очевидните доказателства за неговата биологична функция идват от консорциума ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements). Този международен проект за изследване на работата на генома като цяло, а не само на гените, има за цел да състави „списък на частите“ от ДНК, активни в тялото. В пилотната фаза, завършила през 2007 г., бяха изследвани 30 милиона базови двойки, или приблизително 1% от цялата ДНК.   ENCODE получи невероятни резултати. Въпреки че само 2% от генома съдържа гени, поне 9% се трансформира в РНК, което показва биологична активност. Само малка част от тази РНК е пратеник РНК, която съдържа инструкции за протеини. Джанк ДНК създава различни видове РНК. Тези молекули от своя страна променят синтеза на гени и протеини и фино настройват човешкия метаболизъм. Тази настройка засяга физиологията. Двубуквени ДНК промени, които влияят на риска от развитие на заболявания, са открити не само в гените, но и в некодиращите региони. Да речем, че рядка мутация в гена MC4R причинява детско затлъстяване, но хората с нормална версия също са по-склонни да имат наднормено тегло, ако наследят общ вариант в околната ДНК на боклука. Очевидно този вариант се намира в региона, който регулира активността на MC4R.   Различията в некодиращата ДНК също могат да обяснят разликите между видовете. Около 99% от гените на шимпанзетата и хората са еднакви, за разлика от само 96% от мусорната  ДНК. Тъй като нежеланата ДНК е по-разнообразна, вероятно тя създава такива чисто човешки свойства като интелигентност и език. Идеята, че в генома имат значение само кодиращите протеина региони, се оказа погрешна.
Умная енциклопедия